A Diretiva 2003/87, de 13 de outubro estabeleceu a necessidade de criação e manutenção de um sistema de registos normalizado e seguro, sob a forma de bases de dados eletrónicas normalizadas, contendo dados comuns que permitam acompanhar a concessão, detenção, transferência e anulação de licenças, garantir o acesso do público e uma confidencialidade adequada e assegurar a impossibilidade de transferências incompatíveis com as obrigações resultantes do Protocolo de Quioto.
Nesse contexto, e desde o início da implementação do regime do CELE, desde 2005, que cada Estado Membro teve a seu cargo a criação e manutenção do seu registo de dados (em Portugal o Registo Português de Licenças de Emissão, RPLE) de acordo com as disposições que permitiam assegurar a contabilidade precisa da concessão, detenção, transferência e anulação de licenças de emissão a nível nacional, disposições essas vertidas em Regulamento da Comissão relativo a um sistema de registos normalizado e seguro.
Esta Diretiva, na redação conferida pela Diretiva 2009/29, de 23 de abril, veio estabelecer que, a fim de assegurar a possibilidade de transferência, sem restrições, de licenças de emissão entre pessoas na Comunidade, bem como de ligação do regime comunitário aos regimes de comércio de licenças de emissão em países terceiros e entidades subfederais e regionais, a partir de Janeiro de 2012, todas as licenças de emissão deverão constar de um registo comunitário estabelecido ao abrigo da Decisão n.º 280/2004/CE do Parlamento Europeu e do Conselho, de 11 de Fevereiro de 2004, relativa à criação de um mecanismo de vigilância das emissões comunitárias de gases com efeito de estufa e de implementação do Protocolo de Quioto.
É assim neste contexto que é criado o Registo da União (RU), registo consolidado onde se encontram alojados todos os registos dos Estados-Membros, prestando o mesmo serviço que os anteriores registos nacionais cuja manutenção no entanto se continua a justificar para a contabilização de emissões não abrangidas pelo regime comunitário.